荚膜（capsule）是某些细菌在生长繁殖过程中分泌的一层黏液性物质，包围在细胞壁外，通常这种黏液层厚度小于0.2μm，成分是多糖或多肽，只有在营养丰富时或在动物体内，细菌才产生这种半抗原性质的黏液性物质。它具有保护菌体免受巨噬细胞等的捕捉和吞噬，因而具有抗吞噬抗消化、侵袭力强、与致病性关系密切等特点。像肺炎球菌、炭疽杆菌等都有这类荚膜。有些细菌的荚膜层较薄，小于0.2μm，称为微荚。
像链球菌的M蛋白、伤寒杆菌的Vi抗原、大肠杆菌的K抗原等都属于这类微荚膜。
亚种（Rsubspecies），种内占据不同地理分布区或宿主、互不重叠、生殖隔离不完善并具有一定形态差异的生物类群。这一特征具有较强的遗传性。

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